亦称“微生物发酵工程”。一门渗透有工程学的应用微生物学。利用微生物的特定性状,通过现代化工程技术生产有用物质,或直接应用于工业化生产的一种技术体系。主要包括菌体的生产和应用;微生物代谢产物的生产;微生物机能的利用以及菌种的选育和保藏等技术。20世纪70年代以来,它已与基因重组、细胞融合、蛋白质工程等新技术相结合,发展成为现代微生物工程。由于微生物工程的发展,已形成了抗生素、酶制剂、维生素及氨基酸等新产业。它在工业上具有投资少、收效快、污染少等特点,已广泛地影响着医药、食品、轻工、化工、卫生、农业以及冶金和石油开采等方面。