附錄一
崇禎長編（殘本六十六卷）選錄
天啟七年（九月）
崇禎元年（正月、二月、三月、六月、七月、八月、九月、十月、十一月）
崇禎二年（二月、閏四月、六月）
崇禎三年（正月、二月、三月、五月、九月、十一月、十二月）
崇禎四年（正月、二月、五月、七月、十二月）
崇禎五年（正月、二月、三月、四月、五月、七月、八月、九月、十月、十一月、十二月）
·〔天啟七年秋九月〕丙子，巡撫福建朱一馮以漳、泉兩郡各設路將一員，南路參將駐銅山、泉南遊擊駐中左，汛地各分，不相統屬；續因倭警，欲重海外事權，故假以泉南之節制，衙門不殊，體統頓異：年來幾成爭府，猜嫌日積，誤事可虞！請仍各保地方，不相節制。
·〔崇禎元年春正月〕己丑，閩寇鄭芝龍猖獗海上，閩人多言閩帥俞咨皋實致之。於是工科給事中顏繼祖糾咨皋並副將陳希范兼為死難把總洪應斗請卹，言『銅陵之戰，應鬥忿不顧身，手刃賊級數十顆；賊以火攻應斗，應斗還舉以賊。希范揚帆遠遁，降將楊六、楊七坐視不救。應斗自知不免，抱銅銃自溺於海，賊鉤其尸而寸斬之。希范既以自免，猶誣應斗以不死；將誰欺乎？南路副總兵趙廷〔元〕不愛錢、不怕死，先年為閩都閫，曾以雙箭射猿，負鷹揚之望；宜築大將之壇，聽其便宜行事。漳守臣施邦曜懲接濟而絕勾引、行保甲而練鄉兵，奸民稍戢。龍巖知縣余應桂一清如水，慷慨任事，區區巖邑，不足盡其掀揭之才；宜調補海澄，庶咽喉得藉鎖鑰而鸞鳳可作干城也』。旨以『閩寇縱橫，皆各帥積玩所致。俞咨皋解任，陳希范作何處分？趙廷元應與調前缺。兵部星速咨會撫、按確議具奏』。
〔二月丁未〕，福建巡撫朱一馮病免，總兵俞咨皋逮問。
壬子，刑部侍郎丁啟睿薦新陞福建布政〔使〕熊文燦才堪辦賊、原任兵部郎中徐日久曉暢兵事；下所司推補。
〔三月壬戌朔〕，熊文燦〔為〕都察院右僉都御史，巡撫福建。
〔癸亥〕，兵科給事中林正亨疏陳海上機宜：一、議將領。總兵官勿再用本省，庶不狗情面而誤封疆。一、足糧餉。請籍吳淳夫及俞咨皋家，以充兵餉。一、練兵實。核虛冒老弱並嚴克削之罰。一、修戰具。造舡製器當委廉能官員，務裨實用。一、復衛伍。一、禁接濟。旨：『如議飭行』。
丙寅，福建巡按御史趙蔭昌請禁洋舡下海；下所司議。
〔辛巳〕，福建巡撫都御史朱一馮罷；兵科給事中張鼎延糾其撫閩不效也。
〔夏六月壬子〕，初，海寇鄭芝龍先從海賊顏樞泉；樞泉死，遂有其眾。天啟末，乘閩饑，益招致多人，攻廣東海豐嵌頭村，既得而復棄之；仍入閩，圖中左所。然而不殺不焚，頗有悔罪之意。興泉道□□鄧良知因遣其鄉人李瑞、陳凝、陳瑤往撫之，又命芝龍母舅黃夢龍剖析利害；芝龍遂於正月十八日就中左所受撫，餘眾漸行解散。至是，御史蘇琰條議三事：一、請列之汛地，以便令立功。一、議處補沿海兵餉，並請核先年剿殺紅夷糜費十八萬之餉。一、議處水陸寨遊分哨合援，無拘積套。章下所司。
〔秋七月庚午〕，福建巡撫熊文燦因剿海寇，請借留本省遼餉。下戶、工二部議。
〔癸未〕，納海寇鄭芝龍降。芝龍稱兵海上，頗禁淫殺；不攻城堡、不害敗將，人多言其求撫之心頗真。至是，撫臣以請，帝諭兵部曰：『鄭芝龍嘯聚弄兵，情罪深重。據奏斂眾乞降，縛送夥黨陳芝經輸情悔罪，尚有可原。朕方弘恢武略，宣布德威；念此海濱蠢聚多迫饑寒，塗釁鋒鏑，亦屬可憫！姑准撫臣朱一馮、按臣趙胤昌等奏，給與札付，立功自續：舟中脅從，盡令解散；海上渠魁，責令擒殺。俟果著有功績，應否實授？奏請定奪』。
削閩撫朱一馮籍，以地方失事也；輔臣李標等申救，一馮仍候勘議。
〔八月丙辰〕，候補給事中馬思理疏劾俞咨皋業經撫、按解京而優游道中未至，且言其燒舡不報、棄城潛逃、冒餉、通夷確據。旨：『令部、院速查其稽到之故並四事，到日並究』。
〔九月〕丁丑，工科給事中顏繼祖言：『鄭芝龍既降，宜責其報效；閩帥俞咨皋誤國以後，不可更用閩人；並請卹錄銅山、鷺門罵賊戰死之把總駱大進、莊紹庾、蔡以藩、洪應升等』。從之。
〔冬十月〕丁酉，兵部覆浙江撫臣張延登「海寇情形疏」言：『鄭芝龍雖就撫於閩，而餘黨猶流毒於浙。昌國被其攻圍、官船被其燒燬，猖獗之勢莫可嚮邇。所幸將士用〔命〕，戮力協攻；蠢此么麼，兇鋒稍戢。然鍾閆三賊雖曰遯回，而周三老尚伏臺之大陳山，且欲借倭兵而復仇。賊勢既分，賊心必二；若不乘此剿滅，必致滋蔓難圖。撫臣議申嚴泛海之禁，建威銷萌之意也；議復崙山臺之守，據險阨要之法也。溫、臺、象原係比鄰之地，休戚相共；合三區而調度，所以連率然之勢也。閫外之事，原不可以遙制。況撫臣親在行間督率將士履險蹈危，嚴稽核以杜其欺、信賞罰以作其勇，情形洞悉，擘畫皆宜。諸所條陳，如發兵必合三區、防汛須兼六月，賊不用撫而用剿、不用合而用分，機宜悉協；皆當逐一舉行。閩撫亦當嚴諭芝龍，令其擒賊自效』。如議行。
南兵科給事中錢爾鯨疏劾閩撫朱欽相；令從公查勘。
〔十一月庚午〕，刑科給事中劉斯琜言：『八閩寇亂，肇自俞咨皋；而借撫修剿，舊撫朱欽相實多苦心，何以有薏苡之疑！朱一馮受事於庫藏如洗之日，指臂不靈，姑以病請；何以坐「規避」之條！以身危奉上之撫臣，反代逐賊脫逃之穢弁分過；又寧有為國家任事者乎』？帝責其代辯，不聽。
〔丙子〕，浙江巡撫張延登疏海上大陳山之捷。海寇周三老久據大陳山，延登於七月中會師往剿；及是蕩平，三老遁入海洋，擒獲渠魁林七老等二十四人，以有功將士疏聞。下巡按御史覈奏。俞咨皋擬決；免，革世職。
·〔崇禎二年春二月〕癸丑，提問福建巡撫朱一馮疏辯海賊鄭芝龍猖獗在先，受事在後；且為逆璫所忌，舉劾不行，以致不能立功。章下所司。
〔夏閏四月丙辰朔〕，禮部尚書何如寵等疏言：『琉球國已故中山王尚寧世子尚豐承襲父爵，已奉冊封。但琉球介在海島，唐、宋以來不通中國；惟我高皇帝威靈遐鬯，始來朝闕下。自後凡新王嗣立，皆請命敕封，遣給事中一員為正使、行人一員副之。從福建造海船，二、三年乃成；所需材料、匠作，糜費物力不貲。供億裝設，一有不備，不可以行：閩甚苦之。在萬曆中年，廷臣即已建議，謂區區絕島，不宜輕易遣使臣泛海萬里之外；請自以後頒詔於海上，令彼使臣北向稽首拜詔而還。雖未奉旨，而彼時翕然稱便。此在物力完足之時猶然，而況今之八閩議兵、議餉，公私交困；乃重以騷動之，似多不便。且今之海上又非太平無事之比，萬一不戒於鯨鯢，則傷體辱命，關係實大。乞皇上俯卹民艱，酌行大典；遣官頒詔海上，諭令該國領封：永著為令。萬世之便，端在於是』。得旨：『建封海邦，用示無外。這襲封琉球國王，還遵照累朝典制，遣官冊封。一應禮儀事宜，參酌舊例行』。
〔六月甲寅朔〕，遣戶科給事中杜三策、行人司副楊掄冊封琉球。
〔丁卯〕，戶科給事中杜三策疏言：『臣向遭璫禍，里居四年；鼎鑊餘生，重見日月。今冊封琉球，萬里之行將有日矣。在朝諸臣有憐臣摧折已久者、有憐臣子尚幼者，臣義不受人憐也。然有一、二應除事宜，不得不為我皇上陳之。欲航海，必先造船。此船規製長十七丈，闊三丈有奇。曰■〈穩，舟代禾〉、曰舵、曰桅，採自閩中；非數百年之木不用，非數萬人之力不能運。聞往時船完或二年、或三年，木植、工價與臣等種種供應，費皆不貲。臣等以為欲集事，必須重事權。臣雖遠在海澨，猶是皇上耳目臣也。如不應命，許臣不時參奏；庶事權專而工課速，使命不至久稽矣。欲船堅絰，莫如用人。此一船者，臣等之命系焉。應委同知一員、指揮二員專董此事，船完例同過海；彼知身與利害，則所造之船自然堅絰如法。事完之後，一體優擢。至於流寇充斥，所在見告；海上紅夷，出沒無常。倘海寇突發，該省撫、按發兵護衛；勿以事不相關，視如秦、越』。得旨：『所奏即與覆行。所司知之』。
·〔崇禎三年春正月丙午〕，福建海賊李魁奇，初與鄭芝龍並降；已與芝龍有隙，復去焚掠。既而復從巡撫熊文燦乞降，文燦以聞，帝命相機剿撫；文燦遂一意主撫，以魁奇與芝龍疑釁未解，遣分巡興泉道蔡善繼宣諭魁奇：既一心投誠，務盡償焚燬船器，以明無他；且令與芝龍推心置腹同為王臣，永釋讎怨。芝龍、魁奇遂立軍令狀，歃血訂盟，共捍疆土；以海道之南專責魁奇，海道之北專責芝龍。文燦以聞，帝命慎加操縱，毋得疏玩！
〔二月辛亥朔〕，福建巡撫張三謨以閩人刑部主事黃導爵疏奉有「趙庭貪懦，撫、按何得盡隱」之旨，具本奏辯謂：『李魁奇既撫復叛，原因與鄭芝龍相妒而起。厥後趙庭開諭解散，魁奇漸聽約束；雖無滅此朝食之勇，亦足以息目前焚掠之憂。臣前疏已明，固未嘗謂趙庭為「勇」。若欲加之以「貪」，無論羽檄交馳，非鎮臣攫利之時；而放糧修船冊籍炳著，亦無所容其扣克也。至籌海之策，固不出剿、撫、守三事。而臣以為剿必閩、粵、浙三省合力聯為首尾率然之勢，厚集兵力，刻期夾攻；就當有游兵若干，以為往來救擊之用。賊至之日，不得守近而望遠，亦不得顧此而棄彼；要在即守行剿，得以逸待勞、以主制客之勢，乃為勝算。撫則不過偶用以為緩賊、間賊、解散黨與及時修備之計耳。若夫安身立命、置於不敗，三者之中當以守陸為上；此非上下文武合為一心、新舊官兵盡歸大將節制，驕者降其心、怯者鼓其氣、異者商於同，當事者亦何所措手以為地方安堵計哉』！帝報曰：『趙庭情事，已聞之矣。閩海禦寇既以守陸為上，其即嚴敕將吏協心剿撫，以安地方』。
〔戊辰〕，福建巡撫熊文燦報援兵二千、火砲一百二十具，令掌印都司蔡時春於正月十五日督領入衛。帝以文燦選兵解砲，嘉其急公；且謂福省正在禦寇，命加意綢繆，勿致單虛滋患。
〔丙子〕，兩廣總督王尊德疏報：『閩賊李魁奇陽言就撫，而聚兵造船，肆毒無已；由閩及粵，其禍蔓延。福建撫夷守備鄭芝龍親督標兵並新撫船隻在中左港合攻，魁奇就擒，其黨斬溺無算：海氛肅清』。
〔三月癸卯〕，兵科都給事中張順雲駁正萬曆四十五年五月中倭船漂泊福建東沙，生擒真倭六十七名、斬首二級功次：『查係颶風漂來，與入寇者有間；失船被獲，又與對陣者不同。憶萬曆三十六年先臣萬邦孚總兵福建，有倭船失風被獲，撫、按欲僇之報功，邦孚以風汛所飄，且船無兵械，非寇盜之比，堅執不從；盡釋所獲三十五人，資給遣還，以懷異域：閩人至今頌其仁。福省前事不遠，兵部疏覆東沙之績，乃為舊撫請贈、請廕。贈或典例所宜，廕則未可輕與。其道府將領量行賞賚，以勸海防，應如部覆』。帝以倭功久未勘奏，今經科臣查核既非入寇、對陣，何必論敘；所請概不允行。
〔夏六月壬戌〕，刑部浙江司主事黃道爵以福撫熊文燦「為趙庭辨明」一疏有云：「趙庭督率官兵收服降眾」，若以為有功而無罪者；兵部奉旨確核。道爵因備列其貪懦各款以聞。帝以趙庭貪懦情狀俱有證據，是否公確？兵部其從公勘明回奏。
〔秋九月己亥〕，浙江巡撫陸完學疏報閩寇五百餘艘自福建屏風外洋突犯溫區，調發援兵大小戰艦合剿；賊見官兵勢盛，不敢深入，遂於七月二十五日遠遁。帝命陸完學嚴督道將防剿，不得以暫驅出洋了事。
〔冬十一月癸卯〕，兵科給事中黃紹杰疏奏：『秦、晉之寇，饑民與饑兵相半。當憫其不得已之情，招而懷之；更量免催科，以收人心。而關門近日捷報，不過斬獲數級以為塞責之計。閩撫熊文燦因鄭芝龍之計，密僇李魁奇，貪為己功；徒使家丁騷擾，暮夜攫金，致地方有「城門晝閉、私門夜開」之謠：甚非皇上久任責人之意也』。帝謂『流賊協圖剿撫，關、寧勿狃小捷；已有成命。熊文燦事，所司其確核以聞』。
〔甲辰〕，福建巡按羅元賓疏奏：『鍾斌就撫之後，以鄭芝龍勢不相下，懼其見襲，復行狂逞；謹聯絡各澳並寨游兵分為數師，前後左右掎角聲援，多方以誤之。又以陸兵、鄉夫緊守要害，設疑布伏以防衝突。且絕其汲道，不十日而飲食窮、火器盡，庶幾困獸釜魚可就而縛也』。帝謂『剿撫原宜互用，寧可水陸均受其害？熊文燦其速計輯寧，毋專恃撫貽患』！
〔十二月乙已朔〕，兵部尚書梁廷棟上言：『閩寇之起也有二，其猖獗也有四，其蔓延而不可撲滅也有二。請言其起：閩地瘠民貧，生計半資於海——漳、泉尤甚。故揚航蔽海，上及浙直、下及兩粵，貿遷化居，惟海是藉。自紅夷據彭湖而商販不行，米日益貴；無賴之徒，始有下海從夷者——如楊六、楊七、鄭芝龍、李魁奇、鍾六諸賊皆是：此賊起之一。閩之土既不足養民，民之富者懷資販洋——如呂宋、占城、大小西洋等處，歲取數分之息；貧者為其篙師、長年，歲可得二、三十金。春夏東南風作，民之入海求衣食者以十餘萬計。自紅夷內據，海船不行；奸徒闌出，海禁益嚴。向十餘萬待哺之眾，遂不能忍饑就斃；篙師、長年，今盡移其技為賊用：此賊起之二。其猖獗也，承平日久，武備全弛：兵船非不大造、小造，汛地亦有春防、秋防；而篷不可揚風，船不可破浪，塗人像卒子虛烏有，有警惟恃欺掩，而賊始大肆無忌。此狷獗之一。賊外附紅夷，於是楊六、楊七撫矣；楊六、楊七撫，而餘黨仍歸鄭芝龍。至芝龍，則所資者皆夷艦、所用者皆夷砲，連■〈舟宗〉至數十百艘；又能不妄淫殺、不妄焚掠以假竊仁義之名，故附之遂以日眾：此猖厥之二。芝龍起，楊六、劉七逃——李魁奇、鍾六皆其徒黨，兵船、民船悉被焚掠，而海盡賊矣。在芝龍，實無一日忘撫；地方士民苦賊，亦群上書撫、按代芝龍求撫。蓋芝龍雖少殺掠，然海絕營運、地值旱饑，漳、泉之民死亡已逾十三。積敝之後，振刷為艱；殘破之餘，收拾不易：故不得不出於撫。此猖獗之三。芝龍既撫，當事者若能推誠待之，藉其人船、器砲以剿捕餘黨，歸正者稍為安輯；則賊早平矣。無如因其既撫而易視之，且有所挾以苛求焉：責之以剿捕、靳之以月餉、苦之以點閱；李魁奇遂劫其人船、器砲以復叛，而漳、泉之焚殺無虛日矣。此猖獗之四。新撫之寇，苦於文法之督過與貪弁、勢豪之索勒，憤懣已極；魁奇乘之，意在敗撫以殺芝龍，而以身要撫如芝龍昔日圖楊六、楊七之故智。故一鬨於廣東之電白，而副將陳拱之舡二百被焚；再鬨於興化之吉了，而金富、廉貢、王猷之舡二百亦燼。芝龍乃自裹餱糧、備器用之閩之粵，日與尋殺；然而兵寡力單，悉被挫衄：此蔓延而不可撲滅之一。今春芝龍結鍾功；不惟攘其功，且問賊之筐篋。或所獲者巨室戚屬、勢豪僕役，則又誣以擒殺平民。於是地方不患賊而患兵，不苦賊而苦官、苦豪。若部署鄉民，多懸賞格；移養兵之金錢、出空銜之部劄，能率百人以上擒賊自效者即與一劄，累功百餘即准實授員缺。生員人等或能糾眾殺賊累功百餘者，附准廩、廩准功、吏典准咨部聽選；得賊資器悉賞其人，官不得問：則人人皆兵、人人皆將，有兵之賞，無兵之費。又令粵鎮移駐惠潮以抑賊之下流、浙鎮移駐沙埕以制賊之上游，而一切以鄉兵懸格之法行之，則敵之者眾而賊不足破矣。何謂與其生？夫一日不再食，雖父母不能謝其子。即設法解散、擒捕，只可以已既亂之賊，不可以已將來之賊，旋撲亦恐旋起耳。不如乘此紅夷警息，稍寬海禁，給引出洋；使十餘萬之眾皆得有所衣食——如神廟末年海舶千計、漳、泉頗稱富饒；其時即令之為賊亦所不屑，何至有今日之亂乎！況海舶既出，又得藉其稅入以造舡、養兵、裨益地方不淺矣』。帝謂『戢禦各款，具見籌畫；命依議飭行。至海禁之開，利害孰勝？仍令撫、按酌妥以聞』。
〔壬戌〕，兵科給事中魏呈潤陳閩海剿滅機宜六款：一曰重守土以練民、、二曰嚴信地以核兵、三曰給功票以用間、四曰募漁戶以夾援、五曰酌洋禁以通商、六曰連道屬以兼制。帝謂『所奏多有可採，但嚴保甲與開洋禁似難並行。所司從長酌覆』。
·〔崇禎四年春正月丙申〕，福建賊鍾斌嘯聚山海，為害日久。鄭芝龍、鄭芝虎等統六共圖魁奇，鍾六亦令其夥栖竹來約芝龍。在鍾六只欲自鄭圖李，剪其所忌而無意於撫；在芝龍只欲藉鍾收李，先孤其援以待後舉；在地方當事祗束手旁觀，幸漁人之收耳。魁奇既獲，鍾遂有其人眾、舡器，其勢益張，而防芝龍且益密；擁眾海上，藉名要賞，實不欲撫。若能許以維新，題授一職以羈縻之，多方招徠以解散其黨，鍾六即狡，無能為也。迺計不出此，坐視掠殺以去。今且揚航入浙之沙埕，歸而縱兵搶掠矣。此蔓延而不可撲減之二。然而臣謂賊不難平也，其策有四，惟在攜其黨、散其眾、樹其敵、與其生而已。何謂攜其黨？今日之鍾六，斷無赦禮，能得空名部劄數道陰誘其夥栖竹、瑞雲等賊，許以擒鍾自續，且准實授官職；而更授策芝龍以合圖之，鍾六之首可旦夕致麾下矣。何謂散其眾？賊之受撫也，其夥動以萬計；其桀驁不肯安於無事者，大約十（千）餘耳。楊六、楊七撫而此輩歸芝龍，芝龍撫而此輩歸魁奇，魁奇擒而此輩仍歸鍾六；即異日鍾六擒，栖竹、瑞雲撫，此輩又將引領他屬矣。非其人喜亂，亦勢逼之而然。蓋其人欲散而歸農，則不勝鄰里之側目；欲聚而為兵，則不勝文法之徵求。兵之餉不得領而賊之名不可易，惟有終其身歸賊而已。若肯寬之一面而調之別處，或防登萊、或防旅順，即身（自）備安家、行糧，亦其至願：此皆地方官紳所詳知，第莫為申請耳——如昔年撫賊袁進以防登行而安靜無變，是其驗也。此數千桀驁之賊一去，而餘夥無能為矣。何謂樹其敵？民被賊久，亦既人自為戰、家自為守矣。所苦者鄉兵，得賊，官兵掠以為舟南下，於十一月十三日戰平林灣，鍾圭敗死，其部黨俱逃潰。十九日，復犯崇武東，道標千總王佐、朱臣督兵繼至，陣斬賊首十一顆，生擒真賊一名。二十五日，賊奔平海；鄭兵追及，鍾賊喪魄，悉棄巨艦、器械，伏匿小舡潛遁粵中。巡按羅元賓馳檄兩廣會師夾擊，仍令芝龍兄弟奮力追襲，以擒滅為期。隨於正月二十一日芝龍自烈當城出師，次日抵古雷灣，偵知鍾船伏南澳宮前；芝龍四鼓分兵而進，鍾賊亦分隊預防。比我舡至，四旁圍攻；鍾斌一舡突出海外，駕走如飛；芝龍督把總陳經武、陳豹等揚帆遍追，不得蹤跡而回。於是散捕黨與，共計犁沈賊船九隻、攻擒賊船十一隻，陣斬二百九十級：元賓捷書以聞。帝命再督芝龍等併力擒捕，務期必獲，不可以窮寇置之。
〔丁酉〕，福建巡撫熊文燦續解本省援兵月糧並那解銀二項，帝命照數覈收。
〔辛丑〕，敘廣東、福建剿平山寇功，文武各官並士民陞賞、紀錄有差。
〔二月丁卯〕，福建巡按羅元賓疏覆兵科給事中馬思理「條議海寇未靖」一疏言：『閩中年來夷寇交訌，海濱之民未得安居樂業。而原任工部侍郎董應舉實心幹濟，加意綢繆；處湖海而分廟廊之憂，保桑梓而增省會之障：命其子南京前衛經歷董名瑋招練鄉勇、聯絡漁兵，俾水陸之聲勢藉以壯觀。因此巨魁授首，賊氛漸靖。福州一路幸安衽席，皆應舉之功也。若鄭芝龍已能為吾用命，無復往時要挾之狀；駕馭操練在臣與道臣，自應有以攝其氣而柔其心，無容再議。惟彭湖孤注海外，去漳、泉度河二千里而遙。往紅夷難作，欲踞此地，窺吾門戶；特設遊擊一員，統兵駐之。但聞此地無高山深澤，耕牧不便，戍守為難；又茫茫巨浸之間，訓練、稽查皆非易事：撤其外以實其內，亦今日救時急著。而說者謂海寇未靖，恐有不逞之徒一旦乘虛竊據，便貽他日無窮之憂；則目前惟有嚴虛冒、慎進止，姑俟氛祲漸消，即為更置之圖：此為確論也』。
〔己巳〕，福建巡撫熊文燦以大計被參，疏請罷斥；帝溫旨慰留。
〔五月丙戌〕，海寇鍾斌負鄭芝龍兩創之後，潛遁外洋，莫可蹤跡。巡按羅元賓與芝龍及劉世科等計議，令其陰布哨探，伺諸金門上下間。已而果得其蹤跡於沙洲官前，芝龍等鳴鉦直進，復潛遣舟師從外洋夾攻，困之於甘桔洋中；賊力竭勢窮，身投蛟窟，獲其所坐之舡，其廝僕沈溺者無算，生擒八十餘人：元賓列狀以聞。帝謂『奏中鋪獎過多，仍令確覈覆奏』。
〔秋七月〕丙申，福建巡撫熊文燦以海寇李魁奇、鍾斌相繼殄滅，海上肅清；因上疏備陳通洋利害，並述諸臣條議請開漳、泉二府洋禁以甦民困而足國用。章下所司。
辛丑，廣東道試御史宋賢上言：『從來寇盜竊發，要在治之得人、處之有方，斯不難化綠林為赤子，消禍亂於萌芽；斷非泛泛然一撫即可結局者。臣請得而分言之。諸盜中惟鄭芝龍為可撫。蓋當日縱橫海上雖勢甚猖獗，然聞以劫富濟貧為口實，從不攻一城、戮一民，其意頗善。此所謂草澤英雄，可收以為用者。故一撫即自帖服，且能出其死力殲其黨類以報效朝廷；故閩、廣咸嘉賴之。若山、陝，則悍卒頑民相煽為亂，其勾連套插隕我官兵、戮我蒼赤、破陷我城池，逆惡滔天，不容於死；而當事者猶執撫之一局以養亂縱奸，臣不解也。蓋撫之之法，必我之聲靈克振，足以制其死命；使彼憚而不敢逞，其撫局始堅。苟不察其順逆向背，一味退縮、百計央求，是養饑鷹、止兒啼耳；何其懵也！即今神一魁撫矣，未見其討賊自效如鄭芝龍，徒區區假級冒功；臣恐歸情之真偽，尚未可知也。況近聞三秦時勢，兵以撫而益懈，寇以撫而益驕；倘一旦勾連反側，禍將更烈。今撫臣業奉「親歷行間」之旨，不於此大展兵威、亟奏蕩平，復何待也；至曹、濮之寇盜，抑又有異焉者。以其間皆蓮妖餘孽，出入不時、聚散不常：官軍未至，則躍馬鳴鏑；官兵一至，則拋戈荷鋤，鄉鄰不敢舉、官府莫能辯。故遍地是賊，而終難執真賊是何人；是處皆巢，而終莫定巢穴於何所。良楛共器，玉石難分：此又非撫剿所能除者。臣謂宜速諭山東、河南、北直撫按查〔曹〕、濮週圍三百里州縣，盡選調廉能甲科，同心分治：務令省刑罰、薄稅斂以愛養之，使不忍為盜；嚴保甲、練鄉兵以鎮壓之，〔使〕不能為盜。仍密訪勤捕，取真正渠魁而殲之；則先事消弭之計得，縱有竊發，不難折箠驅之矣』。
〔冬十二月壬申〕，吏科給事中曹履泰上言：『海寇之亂，自鄭芝龍就撫、李魁奇鍾斌相繼擒滅之後，比來海波不揚，瀕海百萬生靈得以安居樂業，似可無虞；然正未足恃者。蓋之海之有寇，譬如秋林墜葉，旋掃旋有；不可偷一日之安，忘百年之計者。而欲為先事之防，其道有四：一在擇將、一在精兵、一在除民害、一在定應援。四事兼備，然後嚴保甲、清巨窩、禁接濟、除嚮導：種種防禦，庶或恃以無恐。苟不此之務，而專以海上事任芝龍辦之，此臣不能不為之鰓鰓過計者也。若夫爵賞刑威，乃懲勸大柄。以納賄釀禍之俞咨皋，不即棄市，尚使之苟延視息；何以嚴失律之警！熊文燦四年勞苦、一旦廓清，論功自應超擢；而曾無一級之遷，恐無以風勵豪傑！臣因為封疆計而並及之』。帝謂『所陳有裨善後機宜，令議飭行。文燦向曾被參，今特恩委任，足示風勵；宜悉心料理，以俟課績論敘』。
·〔崇禎五年春正月壬戍〕，兵科給事中林正亨以閩寇初安無事，愈當為有事之防；懲前毖後，不可不豫圖救弊長計：疏陳裁冗員、定汛地、實營伍、修戰艦四事。章下所司酌議。
〔二月辛卯〕，廣東巡按梁天奇以流賊鍾凌秀突出龍南，而守備劉鍾秀官兵損折；又窺入南、韶，而樂昌知縣林開馥被擄：開馥雖經放還，種秀匿不以報。乃特參失事將領李廷基、鄧懋官及南韶降級道臣瞿士達、韶州知府吳士熙、捕盜通判翁日揚等。
南贛巡撫陸問禮疏奏：『流賊陳萬、鍾凌秀、全斌等東奔西突，四出標劫，滋蔓不已。臣曾具「三賊流突靡常」一疏，請三省大舉會剿；樞部以軍糈不繼，其議遂寢，但令臣等設法解禦。臣凜遵廟謨，先後擒殺、解散雖已數千，而餘孽未盡，迄今尚鷙伏於保昌、崇義之間——山路多歧，處處可犯；分防則兵力愈寡，會剿則東追西竄、南走北奔。臣名一鎮，實止南、贛二府；兵僅二萬，止足捍禦一隅。況當屢次搜括之後，餉匱不繼，萬不能獨支此賊！兩廣總督王業浩挈提兩省之綱，固足調狼、土主客等兵，但亦庫藏如洗，難責其徒手剿賊。乞念東南重地，賊勢至此，非一勞不能永逸；特敕督臣從長酌議，量留何項錢糧以資兵餉，督發大兵移駐要地，相機協剿。再敕湖廣、福建撫臣各發銳兵良將與臣四面夾攻，以早收蕩平之效』。帝以其奏與梁天奇矛盾，敕部查核。
癸已，陞熊文燦為兵部右侍郎兼右僉都御史，總督兩廣軍務、兼理糧餉、帶管鹽務，巡撫廣東地方。
〔三月甲辰〕，陞鄒維璉為右僉都御史，巡撫福建。
〔夏四月〕辛未，再敘福建殲除海賊功，熊文燦再加服、俸一級，賚銀二十兩、紵絲二表裏；羅元賓准復原職，吳暘、蔡善繼各贈太僕寺卿，徐日久、陸卿任、王猷各贈官一級，申紹芳、朱大典、施邦曜各加俸一級，陳睿謨、桂紹龍、何萬化、陸之祺、潘曾紘並趙維鼎等九員各賚銀十兩，陶崇政等七員准與紀錄，董鳴瑋優陞一級，鄭芝龍准實授遊擊，鄭芝虎加實授守備，朱國勳、張永產各紀錄，林察等四員各實授把總，黑大方卹銀八兩。
壬戌，給事中張承詔、傅朝祐、黃紹杰、御史蔡國用、祝徽、黃金貴、李右讜等以賊首鍾凌秀雖降，其餘燼復叛，於三月乙丑竄入瑞、連諸處，風聞瑞金已破、會昌被圍；因合詞上言：『自庾嶺而下，一江直達會城；倘不早為備禦，則自吉、臨以至南、瑞蕩然莫為制限，豫省之事有不可知者。乞敕南贛撫臣督率將士，或分旅進剿、或憑險堵截，速圖剪除，毋令滋蔓！又因此寇剽悍異常，一隅未能獨辦；更乞嚴敕兩廣、閩、楚督撫仍遵「會剿」明旨協力夾攻，蕩巢散黨，以必盡為期，勿因離境遽止：斯根株既拔，一勞乃可永逸矣』。
〔五月〕己亥，兩廣總督王業浩疏奏：『自二月九連渠賊陳萬授首、銅鼓渠賊鍾凌秀降服之後，積年渠魁雖除，而餘孽未盡。監軍副使洪雲蒸同總兵鄧茂官等盡搜其巢，復斬三千餘人，毀其窟穴；遊擊鄭芝龍以福省海寇告急，撫、按掣回，而鍾凌秀願率精銳報效自贖。但九連等處初平，正須防護。福建守備鄭芝虎屢立戰功，驍勇無敵；今芝龍既回閩海，應留芝虎暫駐平遠一路防鎮，俟平定班師：則兩省交得所賴矣』。章下所司查議。
〔秋七月丙午〕，兵部尚書熊明遇等上言：『粵寇蹂躪江省，於今一年。昨六月初旬，賊由吉安屠富田鎮、入撫州，攻剽樂安，破劉田村、掠崇仁，佔據華山，聚黨幾五千人。近且逼豐城境，望屋而食！所過焚燒，火起如虹蜺，距省僅兩日程耳。會城震動，全無一兵，僅得鄉兵三千為城守計，無分文之餉可以置械、犒軍。舊撫候代，九江按臣東巡未返；僅司道數人捐俸數百金以助軍興，直同杯水之救。而鄉市避難者爭舟，指幾可掬：則江以西之亂，豈下於山之東乎！合省糟糧，俱從撫、贛二江入省城水次會兌；今賊扼其中，不早撲滅，萬一梗朝廷一年惟正之供，為患尤非淺小也。此賊尚在九蓮，雖出沒無時，然環九蓮而居者猶習賊不畏，賊所擄獲亦不奢；今縱之流突四出，江西大家富室多居鄉鎮，轉掠千里，賊之資用益富，嘯聚益蕃。是必操江兵乘風迅以遏其北逸，而閩撫鄒維璉調鄭芝龍兵一千五百由邵武入建昌、楚撫唐暉調鎮筸兵二千由長沙入袁州、贛州兵從水路直下出於賊前，逼其歸巢；而後廣東之兵殫穴以洗蕩之：庶幾一勞永逸，而「會剿」之明綸不虛。若賊至一處乃撥兵守一處，及兵至而賊又流掠他處；彈丸之城、千家之村任其漁食，非計之得也。至所需糧餉，昨臣馳訊計臣，欲留新餉四萬以紓目下，而計臣僅許三萬；合無於臣部四年分應解驛遞銀再留一萬，以足前數：庶三省會剿之兵到，犒勞有資；且可鼓勵鄉勇，不至以空拳當勁賊耳』。帝謂『流賊飄忽，往來會剿豈宜復緩！奏內留餉徵兵諸事，俱依擬行。督、撫其務刻期驅剿，收蕩平之績。若再稽延寬縱，立罪不宥』！
戊申，南贛巡撫陸問禮請敕閩、廣協剿，以盡銅鼓餘賊。先是，銅鼓障賊鍾凌秀既降復叛，為福建遊擊鄭芝龍擒解兩廣總督王業浩軍前即時正法，妻子與二、三死黨皆就拘縶；餘賊三千潰入長汀，轉入瑞金。三省官兵屢截其前，賊散而復聚，進入太和縣冠朝、東沔等處。四月十八日，芝龍同廣東遊擊周一陽、南贛坐營邵勳、羊角堡把總金國柱更番殺賊七百餘級，賊越山而遁；已又進興國縣綺岡地方，三省官兵夜半猝擊，賊始迸散。五月初三日，突出永豐縣；官兵堵之，遁入廬陵縣富田地方。問禮遣坐營邵勳、把總朱國柱、營總朱家珍、廣東西山參將徐雲龍、原任參將張一杰、遊擊周一陽各統部兵從興國追至廬陵境上，又遣都司僉書管長寧營事董大勝領兵五百名、原任守備曾士英領兵五百名由水路順流至吉安府隨賊剿捕，檄委分巡嶺北道參議祁逢吉、贛州府同知鄧曰崇隨軍紀功。聞禮以聞，且謂『賊敗殘餘孽，惟於無兵之處逃遁掠食，冀緩須臾之死。但近日芝龍以海警回閩，廣東將士又因兵食不繼，亦欲回廣；臣多方措餉，督令相繼進發。乞聖明嚴飭兩廣新督臣熊文燦、鎮臣鄧茂官益簡精銳、多備糗糧，飛馳協剿。芝龍兵將一心勇於赴鬥，賊所深憚；並乞敕福建新撫臣鄒維璉多發勁兵，責成芝龍合力剿除，以信「會剿」之旨：庶賊燼無再燃之虞，而三省有寧謐之日矣』。帝謂『會剿已申諭再三，問禮控制上游，縱賊蹂躪；且奏報稽久，復多隱飾之詞：巡按御史何無一言？俱俟查明奏奪』。
乙丑，福建巡撫熊文燦疏報陳秀、鄭芝龍、胡美等諸將擊敗海寇鍾凌秀餘黨於海澄、太和、興國諸處，獲其戰艦、器械、馬匹等物。章下所司。
〔八月甲戌〕，福建巡按劉調羹以去年會剿鍾凌秀，九月二十日有新渡之捷，二十八日有丙村之捷；十月十五直抵賊巢，有黃溪沙等處之捷：特疏為福建巡撫熊文燦、巡按羅汝元、兵巡道顧元鏡、參將鄭芝龍等敘功。
〔丙戌〕，江西巡撫解學龍疏奏：『永豐、吉水、廬陵諸賊本系九蓮山餘孽，今南贛撫臣雖檄嶺北道率所部赴援，福建新撫臣亦檄守備高元極、孫繼盛分兩路協剿，臣更同按臣檄饒、南等各府兵統以袁州知府田有年、佐以饒州通判巢之梁相率而往，然寇從粵起，粵兵剿之不盡，致有今日；乃往往檄之不來，來而即去。除芝龍等委賊擅回，已經贛撫題劾，而近日黃牛岡之捷若肯乘勝而往，不啻秋風之捲敗籜；乃賊潰於寧都、永豐之界，各兵去賊僅百餘里，推諉延捱，絕無亂流徑進之勇。乞敕粵、閩諸臣遵「會剿」之旨，四面合攻，儘力促之；一了百當，方許敘功可也』。帝謂『「會剿」已屢有旨，如將士玩法不前，即行參處』。
〔九月丁酉〕，福建海寇劉香老賊數千人、船一百七十艘乘風駕潮直犯閩安鎮，焚劫搶殺，比舍一空；鎮民逃散，省會震動。巡撫鄒維璉與福建兵備道沈萃禎、巡海道潘融春同心戮力，竭蹶撐持；當遣遊擊王嘉勳帶領標兵馳禦，又遣陳廷對領營兵守梅花所，丘應坤、劉儁防禦長樂、連江兩縣；檄鄉紳董鳴瑋散家財、募死士、集漁船以防五虎門。適遊擊鄭芝龍以調剿江西流寇未發，遂留之以破門廷之寇。更懸千金，以購賊香之首；嚴禁奸民運米下海，以斷賊餉。於是賊見有備，始撤營遁去。維璉上疏分別功罪，且引咎自責。帝謂『寇氛時逞，飭備宜嚴。維璉受事方新，當悉心整飭，以副簡任；不必引請。其失事情形、各官功罪，著巡按御史詳查確奏』。
〔乙卯〕，工科右給事中王家彥上言：『閩海猾賊周三、李魁奇、鍾斌雖相繼殄滅，而劉香老猶肆陸梁；剿撲之謀，不可不預為規度。考國初之制，衛所之軍即兵、指揮千百戶之官即將；以臣鄉言之，如烽火、小埕、南口、浯峙、銅山五水寨之舟師，無非軍也。至嘉靖四十二年，撫臣譚綸、總兵戚繼光題復舊制，每寨設福、哨、烏、槳等號船四十餘隻，於五寨中分二哨屯大洋賊船必經之處；其餘寨附近緊要港灣，則分哨以防內侵。又於道里適均海洋，定為兩寨會哨之地；北抵浙之金盤、南抵廣之柘林，聯絡呼吸，戈船相望。萬曆二十四年，撫臣金學曾委分守張鼎忠、都司鄧鍾相閱信地，復請添設崙山、海壇、湄州、浯峒、玄鍾、礵山、臺山、彭湖諸遊哨，於一寨之中以一遊哨翼之，錯綜迭出；雖支洋旁澳，無不搜焉。自昇平久而額軍、額船漸失舊制，指揮千百戶等官足不逾城，會哨之法遂杳然矣。至因而而選民兵、募客兵、編鄉兵又聯漁兵，業與軍而伍矣。昔之為軍者一而可以殺賊，今之為兵者五而籍愈虛、賊愈熾；談海事者所以太息也。按舊額而復之，依分哨、會哨法而核之，籍民兵、客兵而簡練之，鼓鄉兵而勿以官務擾之，復徵沿海四十二澳兵之機警者厚其犒餉令偵賊所在而預制之，皆今日不俟再計而決者也』。章下所司確議。
〔冬十月丁亥〕，廣東巡按梁天奇疏報廣、惠、韶三府所屬龍門、從化、增城、長寧、翁源、英德各縣界中有白梅等峒，素稱賊藪；春夏間，惠、潮九蓮山餘賊竄入其中，聚黨為害。嶺南守巡道布政使林贄、副使洪雲蒸督令參將李相、蔡時春討平之：因列其功級以聞。章下所司。
〔十一月〕己亥，浙江巡按蕭奕輔疏報『劇賊劉香老糾眾近萬、聯■〈舟宗〉二百餘入犯寧、臺、溫一帶，近海地方同時告警；溫區內港被賊蹂躪，賴道臣杜喬林親冒矢石、竭力堵禦，地方得以稍安。參將——今陞江南副總兵袁大寧任賊長驅，已勒令赴功贖罪。近復將撫臣羅汝元出鎮臺州，居中調度；庶指授有人，而蕩平可冀也』。帝謂『海賊連艘入犯，汝元何無先事綢繆？著戴罪速督道將殫力殲除』。
戊申，蘇松巡按林棟隆上言：『閩寇劉香老百艘萬眾乘風突犯寧波，沿海一帶殘毀甚慘；且直入內地攻犯昌國、石浦二城，總哨被戕，戰艦蕩為灰爐，海濱無復居民。所幸北風大作，鹵掠以去。而溫州復受辛螫，得禍尤甚於寧；甌城岌岌，弁將束手：慘毒有不忍言者。夫寧波固兩浙之門戶，而蘇、松與浙又信宿可通。臣今奉命按吳，唇齒之邦，隱憂均切；為今之計，協剿宜先。臣聞閩之鄭芝龍擁水軍北向，賊即揚帆直走金盤；奈何浙兵素強而甘出芝龍下哉！是在兩省諸臣悉力鼓銳，集船會剿耳。況浙之金盤、松海、昌國、石浦、舟山等處賊船可入者，無慮數十所。宜於要害之地高築銃臺以備衝擊，則賊自不敢狂突；或即以貼駕之軍優以從征之餉，使之防守，可無登岸攻掠之憂矣。至通番之禁未嚴，或多漏網；定海關稅苛刻，使商民交病，生計日蹙：則禁奸卹民，又不可不加之意也。若普陀叢林，每為賊窟；嘉靖間，嘗火其廬，徙像於招寶。今日久禁弛，大盜仍往來其中；召寇兵而齎盜糧，莫此為甚！即勢或不能盡毀，當如嘉靖故事，復加禁約，不許徑達普陀，庶奸宄無所藏匿；豈非防患至計哉！又有沙船往來於蘇松、兩浙之間，有貨則裝載、無貨則剽劫，名曰「沙賊」；浙之臨山、觀海，每受其害。臣謂巡鹽之兼轄兩浙者，控制最易；當移檄兩地守巡將領嚴為防探、併力擒捕，使南北之寇聲息不通。是防越亦以防吳，尤當亟為嚴飭也』。章下所司。
〔甲寅〕，浙江巡撫羅汝元疏奏：『浙省寧、臺、溫三府皆海寇出沒之區，而近日劉香老突犯臺之健跳，復攻溫之黃華、盤石，直逼府城；臣酌量形勢，南可顧溫、北可顧寧者，莫如臺州為便，遂以九月十五親督標兵一千五百、精勇三百馳鎮臺州。然窺賊狡謀，若將以溫為安樂國，徘徊不去；是非合三區兵一大創之，寧靜無日。臣即調集各處戰艦、分布諸將，於十月初三日誓師開帆，以圖一鼓殲除。而沙埕一帶，非閩帥協堵，難保兔脫；乞敕兵部嚴諭福建撫臣督令鄭芝龍協力並剿，勿以鄰國為壑！至師行糧從，而鼓舞兵士尤需犒賞。臣調發標兵三千五百、精勇三百、衛兵五百，例用行糧，在額餉之外；藩司那借湊處，點金無術。請將每年扣解京餉一萬兩暫准留用，俟事平仍解可耳』。帝謂『海寇未靖，已屢旨命剿；汝元當速行殲滅。其福建巡撫鄒維璉，亦令發兵會剿。所請留餉，一併酌覆』。
〔十二月辛未〕，福建巡按劉調羹以賊首鍾凌秀餘黨奔突汀州，百戶賴其勳力戰而死，賊亦即退；其勳之功不小，請加優卹。章下所司看議。
天啟七年（九月）
崇禎元年（正月、二月、三月、六月、七月、八月、九月、十月、十一月）
崇禎二年（二月、閏四月、六月）
崇禎三年（正月、二月、三月、五月、九月、十一月、十二月）
崇禎四年（正月、二月、五月、七月、十二月）
崇禎五年（正月、二月、三月、四月、五月、七月、八月、九月、十月、十一月、十二月）
·〔天啟七年秋九月〕丙子，巡撫福建朱一馮以漳、泉兩郡各設路將一員，南路參將駐銅山、泉南遊擊駐中左，汛地各分，不相統屬；續因倭警，欲重海外事權，故假以泉南之節制，衙門不殊，體統頓異：年來幾成爭府，猜嫌日積，誤事可虞！請仍各保地方，不相節制。
·〔崇禎元年春正月〕己丑，閩寇鄭芝龍猖獗海上，閩人多言閩帥俞咨皋實致之。於是工科給事中顏繼祖糾咨皋並副將陳希范兼為死難把總洪應斗請卹，言『銅陵之戰，應鬥忿不顧身，手刃賊級數十顆；賊以火攻應斗，應斗還舉以賊。希范揚帆遠遁，降將楊六、楊七坐視不救。應斗自知不免，抱銅銃自溺於海，賊鉤其尸而寸斬之。希范既以自免，猶誣應斗以不死；將誰欺乎？南路副總兵趙廷〔元〕不愛錢、不怕死，先年為閩都閫，曾以雙箭射猿，負鷹揚之望；宜築大將之壇，聽其便宜行事。漳守臣施邦曜懲接濟而絕勾引、行保甲而練鄉兵，奸民稍戢。龍巖知縣余應桂一清如水，慷慨任事，區區巖邑，不足盡其掀揭之才；宜調補海澄，庶咽喉得藉鎖鑰而鸞鳳可作干城也』。旨以『閩寇縱橫，皆各帥積玩所致。俞咨皋解任，陳希范作何處分？趙廷元應與調前缺。兵部星速咨會撫、按確議具奏』。
〔二月丁未〕，福建巡撫朱一馮病免，總兵俞咨皋逮問。
壬子，刑部侍郎丁啟睿薦新陞福建布政〔使〕熊文燦才堪辦賊、原任兵部郎中徐日久曉暢兵事；下所司推補。
〔三月壬戌朔〕，熊文燦〔為〕都察院右僉都御史，巡撫福建。
〔癸亥〕，兵科給事中林正亨疏陳海上機宜：一、議將領。總兵官勿再用本省，庶不狗情面而誤封疆。一、足糧餉。請籍吳淳夫及俞咨皋家，以充兵餉。一、練兵實。核虛冒老弱並嚴克削之罰。一、修戰具。造舡製器當委廉能官員，務裨實用。一、復衛伍。一、禁接濟。旨：『如議飭行』。
丙寅，福建巡按御史趙蔭昌請禁洋舡下海；下所司議。
〔辛巳〕，福建巡撫都御史朱一馮罷；兵科給事中張鼎延糾其撫閩不效也。
〔夏六月壬子〕，初，海寇鄭芝龍先從海賊顏樞泉；樞泉死，遂有其眾。天啟末，乘閩饑，益招致多人，攻廣東海豐嵌頭村，既得而復棄之；仍入閩，圖中左所。然而不殺不焚，頗有悔罪之意。興泉道□□鄧良知因遣其鄉人李瑞、陳凝、陳瑤往撫之，又命芝龍母舅黃夢龍剖析利害；芝龍遂於正月十八日就中左所受撫，餘眾漸行解散。至是，御史蘇琰條議三事：一、請列之汛地，以便令立功。一、議處補沿海兵餉，並請核先年剿殺紅夷糜費十八萬之餉。一、議處水陸寨遊分哨合援，無拘積套。章下所司。
〔秋七月庚午〕，福建巡撫熊文燦因剿海寇，請借留本省遼餉。下戶、工二部議。
〔癸未〕，納海寇鄭芝龍降。芝龍稱兵海上，頗禁淫殺；不攻城堡、不害敗將，人多言其求撫之心頗真。至是，撫臣以請，帝諭兵部曰：『鄭芝龍嘯聚弄兵，情罪深重。據奏斂眾乞降，縛送夥黨陳芝經輸情悔罪，尚有可原。朕方弘恢武略，宣布德威；念此海濱蠢聚多迫饑寒，塗釁鋒鏑，亦屬可憫！姑准撫臣朱一馮、按臣趙胤昌等奏，給與札付，立功自續：舟中脅從，盡令解散；海上渠魁，責令擒殺。俟果著有功績，應否實授？奏請定奪』。
削閩撫朱一馮籍，以地方失事也；輔臣李標等申救，一馮仍候勘議。
〔八月丙辰〕，候補給事中馬思理疏劾俞咨皋業經撫、按解京而優游道中未至，且言其燒舡不報、棄城潛逃、冒餉、通夷確據。旨：『令部、院速查其稽到之故並四事，到日並究』。
〔九月〕丁丑，工科給事中顏繼祖言：『鄭芝龍既降，宜責其報效；閩帥俞咨皋誤國以後，不可更用閩人；並請卹錄銅山、鷺門罵賊戰死之把總駱大進、莊紹庾、蔡以藩、洪應升等』。從之。
〔冬十月〕丁酉，兵部覆浙江撫臣張延登「海寇情形疏」言：『鄭芝龍雖就撫於閩，而餘黨猶流毒於浙。昌國被其攻圍、官船被其燒燬，猖獗之勢莫可嚮邇。所幸將士用〔命〕，戮力協攻；蠢此么麼，兇鋒稍戢。然鍾閆三賊雖曰遯回，而周三老尚伏臺之大陳山，且欲借倭兵而復仇。賊勢既分，賊心必二；若不乘此剿滅，必致滋蔓難圖。撫臣議申嚴泛海之禁，建威銷萌之意也；議復崙山臺之守，據險阨要之法也。溫、臺、象原係比鄰之地，休戚相共；合三區而調度，所以連率然之勢也。閫外之事，原不可以遙制。況撫臣親在行間督率將士履險蹈危，嚴稽核以杜其欺、信賞罰以作其勇，情形洞悉，擘畫皆宜。諸所條陳，如發兵必合三區、防汛須兼六月，賊不用撫而用剿、不用合而用分，機宜悉協；皆當逐一舉行。閩撫亦當嚴諭芝龍，令其擒賊自效』。如議行。
南兵科給事中錢爾鯨疏劾閩撫朱欽相；令從公查勘。
〔十一月庚午〕，刑科給事中劉斯琜言：『八閩寇亂，肇自俞咨皋；而借撫修剿，舊撫朱欽相實多苦心，何以有薏苡之疑！朱一馮受事於庫藏如洗之日，指臂不靈，姑以病請；何以坐「規避」之條！以身危奉上之撫臣，反代逐賊脫逃之穢弁分過；又寧有為國家任事者乎』？帝責其代辯，不聽。
〔丙子〕，浙江巡撫張延登疏海上大陳山之捷。海寇周三老久據大陳山，延登於七月中會師往剿；及是蕩平，三老遁入海洋，擒獲渠魁林七老等二十四人，以有功將士疏聞。下巡按御史覈奏。俞咨皋擬決；免，革世職。
·〔崇禎二年春二月〕癸丑，提問福建巡撫朱一馮疏辯海賊鄭芝龍猖獗在先，受事在後；且為逆璫所忌，舉劾不行，以致不能立功。章下所司。
〔夏閏四月丙辰朔〕，禮部尚書何如寵等疏言：『琉球國已故中山王尚寧世子尚豐承襲父爵，已奉冊封。但琉球介在海島，唐、宋以來不通中國；惟我高皇帝威靈遐鬯，始來朝闕下。自後凡新王嗣立，皆請命敕封，遣給事中一員為正使、行人一員副之。從福建造海船，二、三年乃成；所需材料、匠作，糜費物力不貲。供億裝設，一有不備，不可以行：閩甚苦之。在萬曆中年，廷臣即已建議，謂區區絕島，不宜輕易遣使臣泛海萬里之外；請自以後頒詔於海上，令彼使臣北向稽首拜詔而還。雖未奉旨，而彼時翕然稱便。此在物力完足之時猶然，而況今之八閩議兵、議餉，公私交困；乃重以騷動之，似多不便。且今之海上又非太平無事之比，萬一不戒於鯨鯢，則傷體辱命，關係實大。乞皇上俯卹民艱，酌行大典；遣官頒詔海上，諭令該國領封：永著為令。萬世之便，端在於是』。得旨：『建封海邦，用示無外。這襲封琉球國王，還遵照累朝典制，遣官冊封。一應禮儀事宜，參酌舊例行』。
〔六月甲寅朔〕，遣戶科給事中杜三策、行人司副楊掄冊封琉球。
〔丁卯〕，戶科給事中杜三策疏言：『臣向遭璫禍，里居四年；鼎鑊餘生，重見日月。今冊封琉球，萬里之行將有日矣。在朝諸臣有憐臣摧折已久者、有憐臣子尚幼者，臣義不受人憐也。然有一、二應除事宜，不得不為我皇上陳之。欲航海，必先造船。此船規製長十七丈，闊三丈有奇。曰■〈穩，舟代禾〉、曰舵、曰桅，採自閩中；非數百年之木不用，非數萬人之力不能運。聞往時船完或二年、或三年，木植、工價與臣等種種供應，費皆不貲。臣等以為欲集事，必須重事權。臣雖遠在海澨，猶是皇上耳目臣也。如不應命，許臣不時參奏；庶事權專而工課速，使命不至久稽矣。欲船堅絰，莫如用人。此一船者，臣等之命系焉。應委同知一員、指揮二員專董此事，船完例同過海；彼知身與利害，則所造之船自然堅絰如法。事完之後，一體優擢。至於流寇充斥，所在見告；海上紅夷，出沒無常。倘海寇突發，該省撫、按發兵護衛；勿以事不相關，視如秦、越』。得旨：『所奏即與覆行。所司知之』。
·〔崇禎三年春正月丙午〕，福建海賊李魁奇，初與鄭芝龍並降；已與芝龍有隙，復去焚掠。既而復從巡撫熊文燦乞降，文燦以聞，帝命相機剿撫；文燦遂一意主撫，以魁奇與芝龍疑釁未解，遣分巡興泉道蔡善繼宣諭魁奇：既一心投誠，務盡償焚燬船器，以明無他；且令與芝龍推心置腹同為王臣，永釋讎怨。芝龍、魁奇遂立軍令狀，歃血訂盟，共捍疆土；以海道之南專責魁奇，海道之北專責芝龍。文燦以聞，帝命慎加操縱，毋得疏玩！
〔二月辛亥朔〕，福建巡撫張三謨以閩人刑部主事黃導爵疏奉有「趙庭貪懦，撫、按何得盡隱」之旨，具本奏辯謂：『李魁奇既撫復叛，原因與鄭芝龍相妒而起。厥後趙庭開諭解散，魁奇漸聽約束；雖無滅此朝食之勇，亦足以息目前焚掠之憂。臣前疏已明，固未嘗謂趙庭為「勇」。若欲加之以「貪」，無論羽檄交馳，非鎮臣攫利之時；而放糧修船冊籍炳著，亦無所容其扣克也。至籌海之策，固不出剿、撫、守三事。而臣以為剿必閩、粵、浙三省合力聯為首尾率然之勢，厚集兵力，刻期夾攻；就當有游兵若干，以為往來救擊之用。賊至之日，不得守近而望遠，亦不得顧此而棄彼；要在即守行剿，得以逸待勞、以主制客之勢，乃為勝算。撫則不過偶用以為緩賊、間賊、解散黨與及時修備之計耳。若夫安身立命、置於不敗，三者之中當以守陸為上；此非上下文武合為一心、新舊官兵盡歸大將節制，驕者降其心、怯者鼓其氣、異者商於同，當事者亦何所措手以為地方安堵計哉』！帝報曰：『趙庭情事，已聞之矣。閩海禦寇既以守陸為上，其即嚴敕將吏協心剿撫，以安地方』。
〔戊辰〕，福建巡撫熊文燦報援兵二千、火砲一百二十具，令掌印都司蔡時春於正月十五日督領入衛。帝以文燦選兵解砲，嘉其急公；且謂福省正在禦寇，命加意綢繆，勿致單虛滋患。
〔丙子〕，兩廣總督王尊德疏報：『閩賊李魁奇陽言就撫，而聚兵造船，肆毒無已；由閩及粵，其禍蔓延。福建撫夷守備鄭芝龍親督標兵並新撫船隻在中左港合攻，魁奇就擒，其黨斬溺無算：海氛肅清』。
〔三月癸卯〕，兵科都給事中張順雲駁正萬曆四十五年五月中倭船漂泊福建東沙，生擒真倭六十七名、斬首二級功次：『查係颶風漂來，與入寇者有間；失船被獲，又與對陣者不同。憶萬曆三十六年先臣萬邦孚總兵福建，有倭船失風被獲，撫、按欲僇之報功，邦孚以風汛所飄，且船無兵械，非寇盜之比，堅執不從；盡釋所獲三十五人，資給遣還，以懷異域：閩人至今頌其仁。福省前事不遠，兵部疏覆東沙之績，乃為舊撫請贈、請廕。贈或典例所宜，廕則未可輕與。其道府將領量行賞賚，以勸海防，應如部覆』。帝以倭功久未勘奏，今經科臣查核既非入寇、對陣，何必論敘；所請概不允行。
〔夏六月壬戌〕，刑部浙江司主事黃道爵以福撫熊文燦「為趙庭辨明」一疏有云：「趙庭督率官兵收服降眾」，若以為有功而無罪者；兵部奉旨確核。道爵因備列其貪懦各款以聞。帝以趙庭貪懦情狀俱有證據，是否公確？兵部其從公勘明回奏。
〔秋九月己亥〕，浙江巡撫陸完學疏報閩寇五百餘艘自福建屏風外洋突犯溫區，調發援兵大小戰艦合剿；賊見官兵勢盛，不敢深入，遂於七月二十五日遠遁。帝命陸完學嚴督道將防剿，不得以暫驅出洋了事。
〔冬十一月癸卯〕，兵科給事中黃紹杰疏奏：『秦、晉之寇，饑民與饑兵相半。當憫其不得已之情，招而懷之；更量免催科，以收人心。而關門近日捷報，不過斬獲數級以為塞責之計。閩撫熊文燦因鄭芝龍之計，密僇李魁奇，貪為己功；徒使家丁騷擾，暮夜攫金，致地方有「城門晝閉、私門夜開」之謠：甚非皇上久任責人之意也』。帝謂『流賊協圖剿撫，關、寧勿狃小捷；已有成命。熊文燦事，所司其確核以聞』。
〔甲辰〕，福建巡按羅元賓疏奏：『鍾斌就撫之後，以鄭芝龍勢不相下，懼其見襲，復行狂逞；謹聯絡各澳並寨游兵分為數師，前後左右掎角聲援，多方以誤之。又以陸兵、鄉夫緊守要害，設疑布伏以防衝突。且絕其汲道，不十日而飲食窮、火器盡，庶幾困獸釜魚可就而縛也』。帝謂『剿撫原宜互用，寧可水陸均受其害？熊文燦其速計輯寧，毋專恃撫貽患』！
〔十二月乙已朔〕，兵部尚書梁廷棟上言：『閩寇之起也有二，其猖獗也有四，其蔓延而不可撲滅也有二。請言其起：閩地瘠民貧，生計半資於海——漳、泉尤甚。故揚航蔽海，上及浙直、下及兩粵，貿遷化居，惟海是藉。自紅夷據彭湖而商販不行，米日益貴；無賴之徒，始有下海從夷者——如楊六、楊七、鄭芝龍、李魁奇、鍾六諸賊皆是：此賊起之一。閩之土既不足養民，民之富者懷資販洋——如呂宋、占城、大小西洋等處，歲取數分之息；貧者為其篙師、長年，歲可得二、三十金。春夏東南風作，民之入海求衣食者以十餘萬計。自紅夷內據，海船不行；奸徒闌出，海禁益嚴。向十餘萬待哺之眾，遂不能忍饑就斃；篙師、長年，今盡移其技為賊用：此賊起之二。其猖獗也，承平日久，武備全弛：兵船非不大造、小造，汛地亦有春防、秋防；而篷不可揚風，船不可破浪，塗人像卒子虛烏有，有警惟恃欺掩，而賊始大肆無忌。此狷獗之一。賊外附紅夷，於是楊六、楊七撫矣；楊六、楊七撫，而餘黨仍歸鄭芝龍。至芝龍，則所資者皆夷艦、所用者皆夷砲，連■〈舟宗〉至數十百艘；又能不妄淫殺、不妄焚掠以假竊仁義之名，故附之遂以日眾：此猖厥之二。芝龍起，楊六、劉七逃——李魁奇、鍾六皆其徒黨，兵船、民船悉被焚掠，而海盡賊矣。在芝龍，實無一日忘撫；地方士民苦賊，亦群上書撫、按代芝龍求撫。蓋芝龍雖少殺掠，然海絕營運、地值旱饑，漳、泉之民死亡已逾十三。積敝之後，振刷為艱；殘破之餘，收拾不易：故不得不出於撫。此猖獗之三。芝龍既撫，當事者若能推誠待之，藉其人船、器砲以剿捕餘黨，歸正者稍為安輯；則賊早平矣。無如因其既撫而易視之，且有所挾以苛求焉：責之以剿捕、靳之以月餉、苦之以點閱；李魁奇遂劫其人船、器砲以復叛，而漳、泉之焚殺無虛日矣。此猖獗之四。新撫之寇，苦於文法之督過與貪弁、勢豪之索勒，憤懣已極；魁奇乘之，意在敗撫以殺芝龍，而以身要撫如芝龍昔日圖楊六、楊七之故智。故一鬨於廣東之電白，而副將陳拱之舡二百被焚；再鬨於興化之吉了，而金富、廉貢、王猷之舡二百亦燼。芝龍乃自裹餱糧、備器用之閩之粵，日與尋殺；然而兵寡力單，悉被挫衄：此蔓延而不可撲滅之一。今春芝龍結鍾功；不惟攘其功，且問賊之筐篋。或所獲者巨室戚屬、勢豪僕役，則又誣以擒殺平民。於是地方不患賊而患兵，不苦賊而苦官、苦豪。若部署鄉民，多懸賞格；移養兵之金錢、出空銜之部劄，能率百人以上擒賊自效者即與一劄，累功百餘即准實授員缺。生員人等或能糾眾殺賊累功百餘者，附准廩、廩准功、吏典准咨部聽選；得賊資器悉賞其人，官不得問：則人人皆兵、人人皆將，有兵之賞，無兵之費。又令粵鎮移駐惠潮以抑賊之下流、浙鎮移駐沙埕以制賊之上游，而一切以鄉兵懸格之法行之，則敵之者眾而賊不足破矣。何謂與其生？夫一日不再食，雖父母不能謝其子。即設法解散、擒捕，只可以已既亂之賊，不可以已將來之賊，旋撲亦恐旋起耳。不如乘此紅夷警息，稍寬海禁，給引出洋；使十餘萬之眾皆得有所衣食——如神廟末年海舶千計、漳、泉頗稱富饒；其時即令之為賊亦所不屑，何至有今日之亂乎！況海舶既出，又得藉其稅入以造舡、養兵、裨益地方不淺矣』。帝謂『戢禦各款，具見籌畫；命依議飭行。至海禁之開，利害孰勝？仍令撫、按酌妥以聞』。
〔壬戌〕，兵科給事中魏呈潤陳閩海剿滅機宜六款：一曰重守土以練民、、二曰嚴信地以核兵、三曰給功票以用間、四曰募漁戶以夾援、五曰酌洋禁以通商、六曰連道屬以兼制。帝謂『所奏多有可採，但嚴保甲與開洋禁似難並行。所司從長酌覆』。
·〔崇禎四年春正月丙申〕，福建賊鍾斌嘯聚山海，為害日久。鄭芝龍、鄭芝虎等統六共圖魁奇，鍾六亦令其夥栖竹來約芝龍。在鍾六只欲自鄭圖李，剪其所忌而無意於撫；在芝龍只欲藉鍾收李，先孤其援以待後舉；在地方當事祗束手旁觀，幸漁人之收耳。魁奇既獲，鍾遂有其人眾、舡器，其勢益張，而防芝龍且益密；擁眾海上，藉名要賞，實不欲撫。若能許以維新，題授一職以羈縻之，多方招徠以解散其黨，鍾六即狡，無能為也。迺計不出此，坐視掠殺以去。今且揚航入浙之沙埕，歸而縱兵搶掠矣。此蔓延而不可撲減之二。然而臣謂賊不難平也，其策有四，惟在攜其黨、散其眾、樹其敵、與其生而已。何謂攜其黨？今日之鍾六，斷無赦禮，能得空名部劄數道陰誘其夥栖竹、瑞雲等賊，許以擒鍾自續，且准實授官職；而更授策芝龍以合圖之，鍾六之首可旦夕致麾下矣。何謂散其眾？賊之受撫也，其夥動以萬計；其桀驁不肯安於無事者，大約十（千）餘耳。楊六、楊七撫而此輩歸芝龍，芝龍撫而此輩歸魁奇，魁奇擒而此輩仍歸鍾六；即異日鍾六擒，栖竹、瑞雲撫，此輩又將引領他屬矣。非其人喜亂，亦勢逼之而然。蓋其人欲散而歸農，則不勝鄰里之側目；欲聚而為兵，則不勝文法之徵求。兵之餉不得領而賊之名不可易，惟有終其身歸賊而已。若肯寬之一面而調之別處，或防登萊、或防旅順，即身（自）備安家、行糧，亦其至願：此皆地方官紳所詳知，第莫為申請耳——如昔年撫賊袁進以防登行而安靜無變，是其驗也。此數千桀驁之賊一去，而餘夥無能為矣。何謂樹其敵？民被賊久，亦既人自為戰、家自為守矣。所苦者鄉兵，得賊，官兵掠以為舟南下，於十一月十三日戰平林灣，鍾圭敗死，其部黨俱逃潰。十九日，復犯崇武東，道標千總王佐、朱臣督兵繼至，陣斬賊首十一顆，生擒真賊一名。二十五日，賊奔平海；鄭兵追及，鍾賊喪魄，悉棄巨艦、器械，伏匿小舡潛遁粵中。巡按羅元賓馳檄兩廣會師夾擊，仍令芝龍兄弟奮力追襲，以擒滅為期。隨於正月二十一日芝龍自烈當城出師，次日抵古雷灣，偵知鍾船伏南澳宮前；芝龍四鼓分兵而進，鍾賊亦分隊預防。比我舡至，四旁圍攻；鍾斌一舡突出海外，駕走如飛；芝龍督把總陳經武、陳豹等揚帆遍追，不得蹤跡而回。於是散捕黨與，共計犁沈賊船九隻、攻擒賊船十一隻，陣斬二百九十級：元賓捷書以聞。帝命再督芝龍等併力擒捕，務期必獲，不可以窮寇置之。
〔丁酉〕，福建巡撫熊文燦續解本省援兵月糧並那解銀二項，帝命照數覈收。
〔辛丑〕，敘廣東、福建剿平山寇功，文武各官並士民陞賞、紀錄有差。
〔二月丁卯〕，福建巡按羅元賓疏覆兵科給事中馬思理「條議海寇未靖」一疏言：『閩中年來夷寇交訌，海濱之民未得安居樂業。而原任工部侍郎董應舉實心幹濟，加意綢繆；處湖海而分廟廊之憂，保桑梓而增省會之障：命其子南京前衛經歷董名瑋招練鄉勇、聯絡漁兵，俾水陸之聲勢藉以壯觀。因此巨魁授首，賊氛漸靖。福州一路幸安衽席，皆應舉之功也。若鄭芝龍已能為吾用命，無復往時要挾之狀；駕馭操練在臣與道臣，自應有以攝其氣而柔其心，無容再議。惟彭湖孤注海外，去漳、泉度河二千里而遙。往紅夷難作，欲踞此地，窺吾門戶；特設遊擊一員，統兵駐之。但聞此地無高山深澤，耕牧不便，戍守為難；又茫茫巨浸之間，訓練、稽查皆非易事：撤其外以實其內，亦今日救時急著。而說者謂海寇未靖，恐有不逞之徒一旦乘虛竊據，便貽他日無窮之憂；則目前惟有嚴虛冒、慎進止，姑俟氛祲漸消，即為更置之圖：此為確論也』。
〔己巳〕，福建巡撫熊文燦以大計被參，疏請罷斥；帝溫旨慰留。
〔五月丙戌〕，海寇鍾斌負鄭芝龍兩創之後，潛遁外洋，莫可蹤跡。巡按羅元賓與芝龍及劉世科等計議，令其陰布哨探，伺諸金門上下間。已而果得其蹤跡於沙洲官前，芝龍等鳴鉦直進，復潛遣舟師從外洋夾攻，困之於甘桔洋中；賊力竭勢窮，身投蛟窟，獲其所坐之舡，其廝僕沈溺者無算，生擒八十餘人：元賓列狀以聞。帝謂『奏中鋪獎過多，仍令確覈覆奏』。
〔秋七月〕丙申，福建巡撫熊文燦以海寇李魁奇、鍾斌相繼殄滅，海上肅清；因上疏備陳通洋利害，並述諸臣條議請開漳、泉二府洋禁以甦民困而足國用。章下所司。
辛丑，廣東道試御史宋賢上言：『從來寇盜竊發，要在治之得人、處之有方，斯不難化綠林為赤子，消禍亂於萌芽；斷非泛泛然一撫即可結局者。臣請得而分言之。諸盜中惟鄭芝龍為可撫。蓋當日縱橫海上雖勢甚猖獗，然聞以劫富濟貧為口實，從不攻一城、戮一民，其意頗善。此所謂草澤英雄，可收以為用者。故一撫即自帖服，且能出其死力殲其黨類以報效朝廷；故閩、廣咸嘉賴之。若山、陝，則悍卒頑民相煽為亂，其勾連套插隕我官兵、戮我蒼赤、破陷我城池，逆惡滔天，不容於死；而當事者猶執撫之一局以養亂縱奸，臣不解也。蓋撫之之法，必我之聲靈克振，足以制其死命；使彼憚而不敢逞，其撫局始堅。苟不察其順逆向背，一味退縮、百計央求，是養饑鷹、止兒啼耳；何其懵也！即今神一魁撫矣，未見其討賊自效如鄭芝龍，徒區區假級冒功；臣恐歸情之真偽，尚未可知也。況近聞三秦時勢，兵以撫而益懈，寇以撫而益驕；倘一旦勾連反側，禍將更烈。今撫臣業奉「親歷行間」之旨，不於此大展兵威、亟奏蕩平，復何待也；至曹、濮之寇盜，抑又有異焉者。以其間皆蓮妖餘孽，出入不時、聚散不常：官軍未至，則躍馬鳴鏑；官兵一至，則拋戈荷鋤，鄉鄰不敢舉、官府莫能辯。故遍地是賊，而終難執真賊是何人；是處皆巢，而終莫定巢穴於何所。良楛共器，玉石難分：此又非撫剿所能除者。臣謂宜速諭山東、河南、北直撫按查〔曹〕、濮週圍三百里州縣，盡選調廉能甲科，同心分治：務令省刑罰、薄稅斂以愛養之，使不忍為盜；嚴保甲、練鄉兵以鎮壓之，〔使〕不能為盜。仍密訪勤捕，取真正渠魁而殲之；則先事消弭之計得，縱有竊發，不難折箠驅之矣』。
〔冬十二月壬申〕，吏科給事中曹履泰上言：『海寇之亂，自鄭芝龍就撫、李魁奇鍾斌相繼擒滅之後，比來海波不揚，瀕海百萬生靈得以安居樂業，似可無虞；然正未足恃者。蓋之海之有寇，譬如秋林墜葉，旋掃旋有；不可偷一日之安，忘百年之計者。而欲為先事之防，其道有四：一在擇將、一在精兵、一在除民害、一在定應援。四事兼備，然後嚴保甲、清巨窩、禁接濟、除嚮導：種種防禦，庶或恃以無恐。苟不此之務，而專以海上事任芝龍辦之，此臣不能不為之鰓鰓過計者也。若夫爵賞刑威，乃懲勸大柄。以納賄釀禍之俞咨皋，不即棄市，尚使之苟延視息；何以嚴失律之警！熊文燦四年勞苦、一旦廓清，論功自應超擢；而曾無一級之遷，恐無以風勵豪傑！臣因為封疆計而並及之』。帝謂『所陳有裨善後機宜，令議飭行。文燦向曾被參，今特恩委任，足示風勵；宜悉心料理，以俟課績論敘』。
·〔崇禎五年春正月壬戍〕，兵科給事中林正亨以閩寇初安無事，愈當為有事之防；懲前毖後，不可不豫圖救弊長計：疏陳裁冗員、定汛地、實營伍、修戰艦四事。章下所司酌議。
〔二月辛卯〕，廣東巡按梁天奇以流賊鍾凌秀突出龍南，而守備劉鍾秀官兵損折；又窺入南、韶，而樂昌知縣林開馥被擄：開馥雖經放還，種秀匿不以報。乃特參失事將領李廷基、鄧懋官及南韶降級道臣瞿士達、韶州知府吳士熙、捕盜通判翁日揚等。
南贛巡撫陸問禮疏奏：『流賊陳萬、鍾凌秀、全斌等東奔西突，四出標劫，滋蔓不已。臣曾具「三賊流突靡常」一疏，請三省大舉會剿；樞部以軍糈不繼，其議遂寢，但令臣等設法解禦。臣凜遵廟謨，先後擒殺、解散雖已數千，而餘孽未盡，迄今尚鷙伏於保昌、崇義之間——山路多歧，處處可犯；分防則兵力愈寡，會剿則東追西竄、南走北奔。臣名一鎮，實止南、贛二府；兵僅二萬，止足捍禦一隅。況當屢次搜括之後，餉匱不繼，萬不能獨支此賊！兩廣總督王業浩挈提兩省之綱，固足調狼、土主客等兵，但亦庫藏如洗，難責其徒手剿賊。乞念東南重地，賊勢至此，非一勞不能永逸；特敕督臣從長酌議，量留何項錢糧以資兵餉，督發大兵移駐要地，相機協剿。再敕湖廣、福建撫臣各發銳兵良將與臣四面夾攻，以早收蕩平之效』。帝以其奏與梁天奇矛盾，敕部查核。
癸已，陞熊文燦為兵部右侍郎兼右僉都御史，總督兩廣軍務、兼理糧餉、帶管鹽務，巡撫廣東地方。
〔三月甲辰〕，陞鄒維璉為右僉都御史，巡撫福建。
〔夏四月〕辛未，再敘福建殲除海賊功，熊文燦再加服、俸一級，賚銀二十兩、紵絲二表裏；羅元賓准復原職，吳暘、蔡善繼各贈太僕寺卿，徐日久、陸卿任、王猷各贈官一級，申紹芳、朱大典、施邦曜各加俸一級，陳睿謨、桂紹龍、何萬化、陸之祺、潘曾紘並趙維鼎等九員各賚銀十兩，陶崇政等七員准與紀錄，董鳴瑋優陞一級，鄭芝龍准實授遊擊，鄭芝虎加實授守備，朱國勳、張永產各紀錄，林察等四員各實授把總，黑大方卹銀八兩。
壬戌，給事中張承詔、傅朝祐、黃紹杰、御史蔡國用、祝徽、黃金貴、李右讜等以賊首鍾凌秀雖降，其餘燼復叛，於三月乙丑竄入瑞、連諸處，風聞瑞金已破、會昌被圍；因合詞上言：『自庾嶺而下，一江直達會城；倘不早為備禦，則自吉、臨以至南、瑞蕩然莫為制限，豫省之事有不可知者。乞敕南贛撫臣督率將士，或分旅進剿、或憑險堵截，速圖剪除，毋令滋蔓！又因此寇剽悍異常，一隅未能獨辦；更乞嚴敕兩廣、閩、楚督撫仍遵「會剿」明旨協力夾攻，蕩巢散黨，以必盡為期，勿因離境遽止：斯根株既拔，一勞乃可永逸矣』。
〔五月〕己亥，兩廣總督王業浩疏奏：『自二月九連渠賊陳萬授首、銅鼓渠賊鍾凌秀降服之後，積年渠魁雖除，而餘孽未盡。監軍副使洪雲蒸同總兵鄧茂官等盡搜其巢，復斬三千餘人，毀其窟穴；遊擊鄭芝龍以福省海寇告急，撫、按掣回，而鍾凌秀願率精銳報效自贖。但九連等處初平，正須防護。福建守備鄭芝虎屢立戰功，驍勇無敵；今芝龍既回閩海，應留芝虎暫駐平遠一路防鎮，俟平定班師：則兩省交得所賴矣』。章下所司查議。
〔秋七月丙午〕，兵部尚書熊明遇等上言：『粵寇蹂躪江省，於今一年。昨六月初旬，賊由吉安屠富田鎮、入撫州，攻剽樂安，破劉田村、掠崇仁，佔據華山，聚黨幾五千人。近且逼豐城境，望屋而食！所過焚燒，火起如虹蜺，距省僅兩日程耳。會城震動，全無一兵，僅得鄉兵三千為城守計，無分文之餉可以置械、犒軍。舊撫候代，九江按臣東巡未返；僅司道數人捐俸數百金以助軍興，直同杯水之救。而鄉市避難者爭舟，指幾可掬：則江以西之亂，豈下於山之東乎！合省糟糧，俱從撫、贛二江入省城水次會兌；今賊扼其中，不早撲滅，萬一梗朝廷一年惟正之供，為患尤非淺小也。此賊尚在九蓮，雖出沒無時，然環九蓮而居者猶習賊不畏，賊所擄獲亦不奢；今縱之流突四出，江西大家富室多居鄉鎮，轉掠千里，賊之資用益富，嘯聚益蕃。是必操江兵乘風迅以遏其北逸，而閩撫鄒維璉調鄭芝龍兵一千五百由邵武入建昌、楚撫唐暉調鎮筸兵二千由長沙入袁州、贛州兵從水路直下出於賊前，逼其歸巢；而後廣東之兵殫穴以洗蕩之：庶幾一勞永逸，而「會剿」之明綸不虛。若賊至一處乃撥兵守一處，及兵至而賊又流掠他處；彈丸之城、千家之村任其漁食，非計之得也。至所需糧餉，昨臣馳訊計臣，欲留新餉四萬以紓目下，而計臣僅許三萬；合無於臣部四年分應解驛遞銀再留一萬，以足前數：庶三省會剿之兵到，犒勞有資；且可鼓勵鄉勇，不至以空拳當勁賊耳』。帝謂『流賊飄忽，往來會剿豈宜復緩！奏內留餉徵兵諸事，俱依擬行。督、撫其務刻期驅剿，收蕩平之績。若再稽延寬縱，立罪不宥』！
戊申，南贛巡撫陸問禮請敕閩、廣協剿，以盡銅鼓餘賊。先是，銅鼓障賊鍾凌秀既降復叛，為福建遊擊鄭芝龍擒解兩廣總督王業浩軍前即時正法，妻子與二、三死黨皆就拘縶；餘賊三千潰入長汀，轉入瑞金。三省官兵屢截其前，賊散而復聚，進入太和縣冠朝、東沔等處。四月十八日，芝龍同廣東遊擊周一陽、南贛坐營邵勳、羊角堡把總金國柱更番殺賊七百餘級，賊越山而遁；已又進興國縣綺岡地方，三省官兵夜半猝擊，賊始迸散。五月初三日，突出永豐縣；官兵堵之，遁入廬陵縣富田地方。問禮遣坐營邵勳、把總朱國柱、營總朱家珍、廣東西山參將徐雲龍、原任參將張一杰、遊擊周一陽各統部兵從興國追至廬陵境上，又遣都司僉書管長寧營事董大勝領兵五百名、原任守備曾士英領兵五百名由水路順流至吉安府隨賊剿捕，檄委分巡嶺北道參議祁逢吉、贛州府同知鄧曰崇隨軍紀功。聞禮以聞，且謂『賊敗殘餘孽，惟於無兵之處逃遁掠食，冀緩須臾之死。但近日芝龍以海警回閩，廣東將士又因兵食不繼，亦欲回廣；臣多方措餉，督令相繼進發。乞聖明嚴飭兩廣新督臣熊文燦、鎮臣鄧茂官益簡精銳、多備糗糧，飛馳協剿。芝龍兵將一心勇於赴鬥，賊所深憚；並乞敕福建新撫臣鄒維璉多發勁兵，責成芝龍合力剿除，以信「會剿」之旨：庶賊燼無再燃之虞，而三省有寧謐之日矣』。帝謂『會剿已申諭再三，問禮控制上游，縱賊蹂躪；且奏報稽久，復多隱飾之詞：巡按御史何無一言？俱俟查明奏奪』。
乙丑，福建巡撫熊文燦疏報陳秀、鄭芝龍、胡美等諸將擊敗海寇鍾凌秀餘黨於海澄、太和、興國諸處，獲其戰艦、器械、馬匹等物。章下所司。
〔八月甲戌〕，福建巡按劉調羹以去年會剿鍾凌秀，九月二十日有新渡之捷，二十八日有丙村之捷；十月十五直抵賊巢，有黃溪沙等處之捷：特疏為福建巡撫熊文燦、巡按羅汝元、兵巡道顧元鏡、參將鄭芝龍等敘功。
〔丙戌〕，江西巡撫解學龍疏奏：『永豐、吉水、廬陵諸賊本系九蓮山餘孽，今南贛撫臣雖檄嶺北道率所部赴援，福建新撫臣亦檄守備高元極、孫繼盛分兩路協剿，臣更同按臣檄饒、南等各府兵統以袁州知府田有年、佐以饒州通判巢之梁相率而往，然寇從粵起，粵兵剿之不盡，致有今日；乃往往檄之不來，來而即去。除芝龍等委賊擅回，已經贛撫題劾，而近日黃牛岡之捷若肯乘勝而往，不啻秋風之捲敗籜；乃賊潰於寧都、永豐之界，各兵去賊僅百餘里，推諉延捱，絕無亂流徑進之勇。乞敕粵、閩諸臣遵「會剿」之旨，四面合攻，儘力促之；一了百當，方許敘功可也』。帝謂『「會剿」已屢有旨，如將士玩法不前，即行參處』。
〔九月丁酉〕，福建海寇劉香老賊數千人、船一百七十艘乘風駕潮直犯閩安鎮，焚劫搶殺，比舍一空；鎮民逃散，省會震動。巡撫鄒維璉與福建兵備道沈萃禎、巡海道潘融春同心戮力，竭蹶撐持；當遣遊擊王嘉勳帶領標兵馳禦，又遣陳廷對領營兵守梅花所，丘應坤、劉儁防禦長樂、連江兩縣；檄鄉紳董鳴瑋散家財、募死士、集漁船以防五虎門。適遊擊鄭芝龍以調剿江西流寇未發，遂留之以破門廷之寇。更懸千金，以購賊香之首；嚴禁奸民運米下海，以斷賊餉。於是賊見有備，始撤營遁去。維璉上疏分別功罪，且引咎自責。帝謂『寇氛時逞，飭備宜嚴。維璉受事方新，當悉心整飭，以副簡任；不必引請。其失事情形、各官功罪，著巡按御史詳查確奏』。
〔乙卯〕，工科右給事中王家彥上言：『閩海猾賊周三、李魁奇、鍾斌雖相繼殄滅，而劉香老猶肆陸梁；剿撲之謀，不可不預為規度。考國初之制，衛所之軍即兵、指揮千百戶之官即將；以臣鄉言之，如烽火、小埕、南口、浯峙、銅山五水寨之舟師，無非軍也。至嘉靖四十二年，撫臣譚綸、總兵戚繼光題復舊制，每寨設福、哨、烏、槳等號船四十餘隻，於五寨中分二哨屯大洋賊船必經之處；其餘寨附近緊要港灣，則分哨以防內侵。又於道里適均海洋，定為兩寨會哨之地；北抵浙之金盤、南抵廣之柘林，聯絡呼吸，戈船相望。萬曆二十四年，撫臣金學曾委分守張鼎忠、都司鄧鍾相閱信地，復請添設崙山、海壇、湄州、浯峒、玄鍾、礵山、臺山、彭湖諸遊哨，於一寨之中以一遊哨翼之，錯綜迭出；雖支洋旁澳，無不搜焉。自昇平久而額軍、額船漸失舊制，指揮千百戶等官足不逾城，會哨之法遂杳然矣。至因而而選民兵、募客兵、編鄉兵又聯漁兵，業與軍而伍矣。昔之為軍者一而可以殺賊，今之為兵者五而籍愈虛、賊愈熾；談海事者所以太息也。按舊額而復之，依分哨、會哨法而核之，籍民兵、客兵而簡練之，鼓鄉兵而勿以官務擾之，復徵沿海四十二澳兵之機警者厚其犒餉令偵賊所在而預制之，皆今日不俟再計而決者也』。章下所司確議。
〔冬十月丁亥〕，廣東巡按梁天奇疏報廣、惠、韶三府所屬龍門、從化、增城、長寧、翁源、英德各縣界中有白梅等峒，素稱賊藪；春夏間，惠、潮九蓮山餘賊竄入其中，聚黨為害。嶺南守巡道布政使林贄、副使洪雲蒸督令參將李相、蔡時春討平之：因列其功級以聞。章下所司。
〔十一月〕己亥，浙江巡按蕭奕輔疏報『劇賊劉香老糾眾近萬、聯■〈舟宗〉二百餘入犯寧、臺、溫一帶，近海地方同時告警；溫區內港被賊蹂躪，賴道臣杜喬林親冒矢石、竭力堵禦，地方得以稍安。參將——今陞江南副總兵袁大寧任賊長驅，已勒令赴功贖罪。近復將撫臣羅汝元出鎮臺州，居中調度；庶指授有人，而蕩平可冀也』。帝謂『海賊連艘入犯，汝元何無先事綢繆？著戴罪速督道將殫力殲除』。
戊申，蘇松巡按林棟隆上言：『閩寇劉香老百艘萬眾乘風突犯寧波，沿海一帶殘毀甚慘；且直入內地攻犯昌國、石浦二城，總哨被戕，戰艦蕩為灰爐，海濱無復居民。所幸北風大作，鹵掠以去。而溫州復受辛螫，得禍尤甚於寧；甌城岌岌，弁將束手：慘毒有不忍言者。夫寧波固兩浙之門戶，而蘇、松與浙又信宿可通。臣今奉命按吳，唇齒之邦，隱憂均切；為今之計，協剿宜先。臣聞閩之鄭芝龍擁水軍北向，賊即揚帆直走金盤；奈何浙兵素強而甘出芝龍下哉！是在兩省諸臣悉力鼓銳，集船會剿耳。況浙之金盤、松海、昌國、石浦、舟山等處賊船可入者，無慮數十所。宜於要害之地高築銃臺以備衝擊，則賊自不敢狂突；或即以貼駕之軍優以從征之餉，使之防守，可無登岸攻掠之憂矣。至通番之禁未嚴，或多漏網；定海關稅苛刻，使商民交病，生計日蹙：則禁奸卹民，又不可不加之意也。若普陀叢林，每為賊窟；嘉靖間，嘗火其廬，徙像於招寶。今日久禁弛，大盜仍往來其中；召寇兵而齎盜糧，莫此為甚！即勢或不能盡毀，當如嘉靖故事，復加禁約，不許徑達普陀，庶奸宄無所藏匿；豈非防患至計哉！又有沙船往來於蘇松、兩浙之間，有貨則裝載、無貨則剽劫，名曰「沙賊」；浙之臨山、觀海，每受其害。臣謂巡鹽之兼轄兩浙者，控制最易；當移檄兩地守巡將領嚴為防探、併力擒捕，使南北之寇聲息不通。是防越亦以防吳，尤當亟為嚴飭也』。章下所司。
〔甲寅〕，浙江巡撫羅汝元疏奏：『浙省寧、臺、溫三府皆海寇出沒之區，而近日劉香老突犯臺之健跳，復攻溫之黃華、盤石，直逼府城；臣酌量形勢，南可顧溫、北可顧寧者，莫如臺州為便，遂以九月十五親督標兵一千五百、精勇三百馳鎮臺州。然窺賊狡謀，若將以溫為安樂國，徘徊不去；是非合三區兵一大創之，寧靜無日。臣即調集各處戰艦、分布諸將，於十月初三日誓師開帆，以圖一鼓殲除。而沙埕一帶，非閩帥協堵，難保兔脫；乞敕兵部嚴諭福建撫臣督令鄭芝龍協力並剿，勿以鄰國為壑！至師行糧從，而鼓舞兵士尤需犒賞。臣調發標兵三千五百、精勇三百、衛兵五百，例用行糧，在額餉之外；藩司那借湊處，點金無術。請將每年扣解京餉一萬兩暫准留用，俟事平仍解可耳』。帝謂『海寇未靖，已屢旨命剿；汝元當速行殲滅。其福建巡撫鄒維璉，亦令發兵會剿。所請留餉，一併酌覆』。
〔十二月辛未〕，福建巡按劉調羹以賊首鍾凌秀餘黨奔突汀州，百戶賴其勳力戰而死，賊亦即退；其勳之功不小，請加優卹。章下所司看議。
