允恭弟。淳化中，王小波、李顺起义。李顺兄自荣，占据绵竹，群众响应起义，与其兄允升、允恭领乡里子弟攻击自荣所部义军，并为宋兵向导，擒获自荣，送至剑门以献。剑南两川招安使王继恩上奏其事，授允元为什邡县令。后召赴阙，授大理评事。
